《國家稅務總局關于房地產開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》(國稅發(fā)〔2006〕187號，以下簡稱187號文件)第二條第二項規(guī)定，下列情形主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：1.已竣工驗收的房地產開發(fā)項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的;2.取得銷售(預售)許可證滿3年仍未銷售完畢的;3.納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的;4.省稅務機關規(guī)定的其他情況。
　　上述除第三種情形外，通常是針對已銷售房地產項目。對清算后再轉讓房地產土地增值稅的處理，187號文件第八條規(guī)定，在土地增值稅清算時，未轉讓的房地產，清算后銷售或有償轉讓的，納稅人應按規(guī)定進行土地增值稅的納稅申報，扣除項目金額按清算時的單位建筑面積成本費用乘以銷售或轉讓面積計算。單位建筑面積成本費用=清算時的扣除項目總金額÷清算的總建筑面積。
　　實踐中，按照上述處理方法，由于清算后再轉讓房地產價格的變化以及清算時點的不同，將導致清算對象的應納土地增值稅稅額的變化，造成多繳或少繳稅款的涉稅風險，不符合稅收“固定性”的特征。
　　案例
　　甲房地產公司2009年起開發(fā)了乙項目(作為清算單位，不符合減免稅條件)，可售建筑面積為10萬平方米，截至2012年5月，已售建筑面積為8.51萬平方米，占可售面積的85.1%，稅務機關要求該公司辦理土地增值稅清算申報。清算申報資料顯示：取得土地使用權所支付的金額為6500萬元、房地產開發(fā)成本25000萬元、房地產開發(fā)費用3150萬元，截至2012年5月，已納可扣除的與房地產有關的稅金2220萬元。該公司2012年6月辦理土地增值稅清算申報(所屬期截至2012年5月)，申報表顯示：轉讓房地產收入總額為40000萬元、扣除項目金額合計37068.45萬元(稅金按實扣除，其他項目均按85.1%計算)、增值額為2931.55萬元，增值率為7.9%、適用稅率為30%、應繳土地增值稅稅額為879.47萬元。該公司2012年6月~12月均未實現(xiàn)銷售，2013年1月將剩余1.49萬平方米銷售完畢，取得轉讓房地產收入10430萬元，繳納與轉讓房地產有關的稅金578.87萬元。
　　按照187號文件第八條規(guī)定的處理方法計算，單位建筑面積成本費用=清算時的扣除項目總金額(37068.45萬元)÷清算的總建筑面積(8.51萬平方米)=4355.87(元/平方米)，扣除項目金額=清算時的單位建筑面積成本費用(4355.87元)×銷售或轉讓面積(1.49萬平方米)=6490.25(萬元)，增值額為3939.75萬元，增值率為60.70%，適用稅率為40%，速算扣除系數(shù)為5%，清算后再轉讓應納增值稅稅額為1251.39萬元。該項目清算時和再轉讓，應繳土地增值稅合計2130.86萬元。